커지는 세제개편 ‘후폭풍’…반발 진화 속 수정 나서는 정부

종부세 개정안 입법예고에 의견 5000건 넘겨
비거주 1주택자 예외 요건에 육아·장기 전근 빠져
'한도 도입·거주 중심 전환' 장특공제 개편안도 반발
李 "변경 여지 있어"…구윤철 "국민 의견 듣고 보완"

12일 서울 강남구의 한 부동산중개업소 앞에 매물시세표가 게시되어 있다./연합

2026년도 세제개편안을 둘러싼 논란이 이어지는 가운데, 정부가 수정을 예고하며 재편 수순에 돌입했다. 세 부담이 커지는 비거주 1주택자의 예외 요건과 장기보유특별공제(장특공제) 개편에 대한 지적이 빗발치는 와중, 학계에서는 다양한 경우를 고려한 후속조치가 필요하다고 제언한다.

12일 재정경제부 등에 따르면 지난 4일부터 시작된 '종합부동산세법 일부개정법률안' 입법예고에 5000건이 넘는 의견이 등록됐다. 같은 날 시작된 '소득세법 일부개정법률안' 입법예고에도 2500건 이상의 의견이 달렸다. 지난 3일 발표된 올해 세제개편안은 세 부담 적정화를 통한 '부동산 세제 합리화'를 목표로 제시했지만, 비거주 1주택자를 중심으로 합리적이지 않다는 지적이 잇따르고 있는 것이다.

그중 비거주 1주택자의 종부세 기본공제금액을 현행 12억원에서 9억원으로 하향하는 방안이 거센 반발에 부딪히고 있다. 정부는 비거주 1주택자 중 취학이나 전근, 직장 이전 등의 사유에 대해 최대 3년까지 거주기간으로 인정하겠다는 예외 조건을 제시했으나 육아나 가족 돌봄, 장기간 전근 및 해외 체류 등 다양한 사례가 포함되지 않았다는 지적이 나오고 있다.

실거주자 중심의 양도소득세 장특공제 개편 방안도 도마 위에 올랐다. 개편안에서는 2028년부터 장특공제의 한도를 도입하고 요건을 단계적으로 강화하는 한편, 주택의 경우 '장기거주소득공제'로 명칭을 변경한다는 계획이 담겼다. 또 2029년부터는 주택에 거주하는 경우에만 공제 혜택을 제공하기로 했다.

이에 일각에서는 보유기간 동안 발생한 물가 상승에 따른 명목이익 과세를 방지하고자 마련된 제도의 취지에 어긋난 조치라는 반발이 나오고 있다.

세제개편안에 대한 여론이 심상치 않자 정부는 재편 가능성을 열어뒀다. 이재명 대통령은 지난 11일 국무회의에서 "확정된 안을 내고 무조건 일방적으로 밀어붙이는 게 아니라 안을 낼 때는 변경의 여지가 있다"고 말했다. 같은 날 구윤철 부총리 겸 재경부 장관 또한 "입법예고 기간인 오는 20일까지 국민 의견을 듣고, 국회 논의도 거쳐서 세제개편안을 보완해 완성도를 높여갈 것"이라고 덧붙였다.

학계에서는 세제개편안 후속 조치에 현재의 부동산 시장을 둘러싼 다양한 상황을 반영해야 한다고 지적한다. 김상봉 한성대 경제학과 교수는 "어쩔 수 없이 특정 기간 동안 거주를 하지 못하는 주택 보유자의 사례가 상당히 많다"며 "정부에서는 다양한 경우를 고려해 예외 인정 범위를 설정해야 한다"고 말했다.

또 "장특공제 한도 도입 계획에 집을 맞거래해 혜택을 최대한 적용받고 취득가액을 현재 시세로 높이는 사례가 나오고 있다"며 "장특공제의 급진적 축소가 오래 거주한 이에게 혜택을 제공한다는 제도 취지를 훼손할 수 있다"고 덧붙였다.